Francesco Alberti morì a 57 anni, la sera del 16 settembre 1939. Fu ritrovato nel giardino della sua casa di Bellinzona, in zona Nocca, dopo una serata passata a giocare a carte con gli amici. Era malato da tempo di cuore, ma sono state avanzate anche ipotesi diverse sulle cause della sua morte precoce (secondo alcune ricostruzioni, degli sconosciuti si sarebbero introdotti nottetempo in casa sua). La sua scomparsa segnò nel profondo l’opinione pubblica ticinese e molte furono, sulla stampa, le manifestazioni di stima. Il funerale fu celebrato in forma militare, come si confaceva a un celebre cappellano dell’esercito svizzero.